澎湖縣目前針對犬貓屍體焚化提供服務，並設有收費標準，但並無明確的「補助」項目，而是針對符合特定條件的寵物提供費用減免。離島居民可依循以下條件申請處理。
澎湖寵物屍體焚化服務與費用
- 服務單位：澎湖縣家畜疾病防治所提供寵物屍體焚化服務。飼主可於上班時間洽詢或撥打1959動物保護專線諮詢（服務時間為每日07:30至22:00）。
- 焚化方式：
- 單獨焚化：自110年11月起，澎湖縣家畜疾病防治所已設有小型動物焚化爐，寵物單獨火化邊間好?提供寵物屍體單獨焚化並可領回骨灰的服務。
- 外運焚化：如果飼主不想領回骨灰，也可選擇外運至臺灣本島焚化，此情況下不可領回骨灰。
- 收費標準：澎湖縣寵物屍體焚化有相關收費標準。
- 單獨焚化處理費：
- 20公斤以下：新臺幣六千元整。
- 20公斤以上：每公斤新臺幣三百元整。
- 外運焚化處理費：
- 5公斤（含）以下：新臺幣六百元整。
- 6至10公斤：新臺幣一千二百元整。
- 11至15公斤：新臺幣一千八百元整。
- 16公斤以上：每增加1公斤，加收新臺幣一百二十元整。
- 單獨焚化處理費：
費用減免條件
- 寵物登記減免：為鼓勵飼主為寵物（犬、貓）辦理寵物登記，凡具有寵物登記（植入晶片）之犬貓遺體，每頭可減收新臺幣三百元。 (部分資料顯示為減收100元，建議以澎湖縣家畜疾病防治所最新公告為準)
離島申請條件
澎湖縣的寵物屍體焚化服務適用於設籍澎湖縣的居民。申請時需準備以下資料：
- 飼主身分證。
- 寵物遺體及所需費用。
- 填寫「澎湖縣家畜疾病防治所寵物屍體焚化申請表」，內容包含申請人資料（姓名、出生日期、身分證統一編號、聯絡電話、戶籍及通訊地址）及寵物資料（寵物別、死亡原因、性別、死亡日期、晶片號碼、毛色、屍體重量）。
注意事項：
- 焚化實際時間由家畜疾病防治所統一安排。
- 若選擇單獨焚化，需於本所通知的焚化日起三天內領回骨灰，逾期未領回將由本所統一處理。
- 外運焚化服務無法指定焚化時間且不能撿骨。
